* aminozuren hebben ioniseerbare groepen: Elk aminozuur heeft ten minste twee ioniseerbare groepen:een carboxylgroep (-cooh) en een aminogroep (-NH2). Deze groepen kunnen protonen (H+) winnen of verliezen, afhankelijk van de pH van de oplossing.

* iso -elektrisch punt (PI): Elk aminozuur heeft een specifieke pH -waarde die het iso -elektrische punt (PI) wordt genoemd waar de netto lading nul is. Bij deze pH bestaat het aminozuur als een zwitterion (zowel positieve als negatieve ladingen evenwichtig).

* Migratie in een elektrisch veld: Bij onderworpen aan een elektrisch veld tijdens elektroforese, zullen aminozuren met een netto positieve lading migreren naar de negatieve elektrode (kathode), terwijl die met een netto negatieve lading migreren naar de positieve elektrode (anode).

* pH -effect op lading:

* pH onder pi: Het aminozuur zal worden geprotoneerd, met een netto positieve lading.

* pH boven PI: Het aminozuur zal worden gedeprotoneerd, met een netto negatieve lading.

* pH op Pi: Het aminozuur heeft geen netto lading en migreert niet.

Daarom beïnvloedt de pH van de bufferoplossing die wordt gebruikt in elektroforese direct de scheiding van aminozuren:

* Optimale scheiding: Het gebruik van een pH die iets anders is dan de PI van de aminozuren, zorgt ervoor dat ze een netto lading hebben en zullen met verschillende snelheden migreren, wat leidt tot effectieve scheiding.

* Slechte scheiding: Als de pH te dicht bij de PI van een aminozuur staat, heeft deze een zeer lage netto lading en zal langzaam migreren, wat resulteert in een slechte resolutie.

* geen scheiding: Als de pH zich precies op de PI van een aminozuur bevindt, heeft deze geen netto -lading en migreert deze helemaal niet.

Conclusie is pH een kritieke factor in elektroforese omdat het de ladingstoestand van aminozuren bepaalt, die hun migratie in het elektrische veld beïnvloedt en uiteindelijk de scheidingsefficiëntie dicteert.