* Koolstof-12 (¹²C) :Dit is de meest voorkomende isotoop van koolstof en vormt ongeveer 98,9% van alle koolstof die in de natuur wordt aangetroffen. Het heeft 6 protonen en 6 neutronen in zijn kern.

* Koolstof-13 (¹³C) :Deze isotoop is minder overvloedig aanwezig en maakt ongeveer 1,1% uit van de natuurlijk voorkomende koolstof. Het heeft 6 protonen en 7 neutronen in zijn kern.

Er is ook een derde, minder voorkomende isotoop:

* Koolstof-14 (¹⁴C) :Dit is een radioactieve isotoop met 6 protonen en 8 neutronen. Het wordt gebruikt voor radiokoolstofdatering, een methode om de ouderdom van organische materialen te bepalen.

Het is belangrijk op te merken dat alle koolstofisotopen hetzelfde aantal protonen (6) hebben, wat hun atoomnummer bepaalt en ze als koolstof definieert. Het verschil ligt in het aantal neutronen dat ze hebben.