* geen kern: Prokaryoten missen een echte kern. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

* Geen membraangebonden organellen: Prokaryoten hebben geen membraangebonden organellen zoals mitochondria, Golgi-apparaat, endoplasmatisch reticulum of lysosomen.

* ribosomen: Hoewel zowel prokaryoten als eukaryoten ribosomen hebben, zijn prokaryotische ribosomen kleiner (70s) dan eukaryotische ribosomen (80s).

* Celwand: De meeste prokaryoten hebben een stijve celwand buiten hun celmembraan. Sommige eukaryoten (zoals planten, schimmels en sommige protisten) hebben echter ook celwanden.

* capsule: Sommige prokaryoten hebben een capsule, een plakkerige buitenlaag die hen helpt zich aan oppervlakken te houden en het immuunsysteem van de gastheer te ontwijken.

* pili (fimbriae): Dit zijn haarachtige structuren die prokaryoten helpen aan oppervlakken en andere cellen te hechten.

* flagella: Veel prokaryoten hebben flagella, zweepachtige structuren die worden gebruikt voor voortbeweging. Sommige eukaryoten hebben echter ook flagella.

* plasmiden: Dit zijn kleine, cirkelvormige DNA -moleculen die onafhankelijk van het hoofdchromosoom kunnen repliceren. Ze dragen vaak genen die resistentie bieden tegen antibiotica of andere toxines.

Belangrijke opmerking: Hoewel deze structuren meestal worden geassocieerd met prokaryoten, zijn er enkele uitzonderingen. Sommige eukaryoten hebben bijvoorbeeld structuren die vergelijkbaar zijn met pili en bepaalde bacteriën missen een celwand.