1. Verontreiniging: Stof, vuil, vingerafdrukken en zelfs deeltjes in de lucht kunnen zich ophopen op de lenzen en andere delicate delen van de microscoop. Deze verontreiniging kan licht verspreiden, de afbeelding belemmeren en zelfs de delicate lenzen krassen.

2. trilling: Microscopen zijn extreem gevoelige instrumenten. Zelfs kleine trillingen, of het nu van voetverkeer, nabijgelegen machines of zelfs een lichte bult, het beeld kunnen vervagen en het moeilijk maken om zich te concentreren.

Deze uitdagingen zijn niet inherente "vijanden" in de traditionele zin, maar het kunnen grote obstakels zijn voor een duidelijk en nauwkeurig kijken onder een microscoop.